Arrêt maladie du kiné libéral : calculer votre indemnité et monter votre dossier

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Medicazen, courtier en assurance, vous accompagne pas à pas dans votre quête.

Les barèmes, vous les trouverez partout.
Ce qu’on ne vous dit jamais, c’est comment on passe du barème au montant que vous toucherez réellement, ni comment monter le dossier pour que ce montant arrive.
Cette page fait ces trois choses : le calcul de votre indemnité journalière, les démarches auprès des deux caisses, et les situations qui sortent du cas standard.

Pour la vue d’ensemble du dispositif et le détail de ce que verse le régime obligatoire, consultez le détail de ce que verse le régime obligatoire sur notre page dédiée.

L’essentiel, en cinq points

  • Votre indemnité de l’Assurance Maladie vaut 1/730e de votre revenu d’activité annuel moyen, calculé sur la moyenne de vos revenus cotisés des 3 années civiles précédant l’arrêt. (ameli.fr)
  • Cette moyenne est plafonnée à 3 fois le plafond annuel de la sécurité sociale, soit 3 x 48 060 euros, et l’indemnité ne peut pas dépasser 197,51 euros bruts par jour au 1er janvier 2026. (ameli.fr)
  • Il faut justifier d’au moins 12 mois d’affiliation continus dans l’activité pour y avoir droit. (ameli.fr)
  • Côté CARPIMKO, la demande doit être faite dans les 6 mois maximum à compter du 1er jour de l’arrêt initial, et vous devez être à jour de toutes vos cotisations. (carpimko.com)
  • Votre arrêt de travail transmis à la CPAM n’est pas transmis automatiquement à la CARPIMKO. La déclaration se fait séparément, en ligne. (carpimko.com)

Sommaire

Comment se calcule votre indemnité journalière

La formule tient en une ligne : votre indemnité journalière est égale à 1/730e de votre revenu d’activité annuel moyen.
C’est la suite qui pose problème, parce que ce revenu n’est pas celui que vous faites aujourd’hui.

L’Assurance Maladie retient la moyenne de vos revenus cotisés des trois années civiles qui précèdent la date de votre arrêt. Pas votre revenu de l’année en cours, pas celui de la dernière déclaration : une moyenne sur trois ans.
Un masseur-kinésithérapeute qui a doublé son activité l’an dernier verra ce rattrapage dilué par les deux années d’avant.

Cette moyenne est ensuite plafonnée. Elle ne peut pas dépasser 3 fois le plafond annuel de la sécurité sociale, soit 3 x 48 060 euros bruts au 1er janvier 2026. Et quand bien même votre revenu moyen dépasserait ce plafond, l’indemnité journalière est bloquée à 197,51 euros bruts par jour.

Le calcul complet, sur un cas chiffré, donne ceci. Le revenu de départ est une hypothèse de travail, pas une moyenne de la profession.

Étape Ce qu’on retient Résultat
1. Revenu de départ
hypothèse
38 000 € en N-3, 46 000 € en N-2, 51 000 € en N-1 3 années civiles retenues (1)
2. Moyenne des 3 années civiles (38 000 + 46 000 + 51 000) / 3 45 000 €
3. Application du plafond d’assiette Moyenne plafonnée à 3 fois le PASS, soit 3 x 48 060 € = 144 180 € (2) 45 000 € conservés
4. Division par 730 45 000 / 730 (1) 61,64 €
5. Comparaison au plafond journalier Plafond de 197,51 € bruts par jour au 1er janvier 2026 (3) 61,64 € conservés
6. Montant obtenu Indemnité journalière brute, due à compter du 4e jour d’arrêt (4) 61,64 € bruts par jour

(1) Mode de calcul et assiette : ameli.fr, « Arrêt de travail pour maladie ou accident : les indemnités journalières du professionnel libéral », consulté le 12 septembre 2026.
(2) Plafond annuel de la sécurité sociale 2026 : 48 060 euros bruts, ameli.fr et urssaf.fr, consultés le 12 septembre 2026.
(3) Plafond de l’indemnité journalière au 1er janvier 2026 : ameli.fr, consulté le 12 septembre 2026.
(4) Point de départ du versement : ameli.fr, consulté le 12 septembre 2026. Montant brut, avant CSG, CRDS et prélèvement à la source.

Soit environ 1 849 euros bruts pour un mois complet, pour une kinésithérapeute libérale qui gagnait 45 000 euros en moyenne.
À comparer à ce qu’elle encaissait réellement, charges du cabinet comprises.

Ce calcul proportionnel a une durée limitée. Au-delà, le relais n’est plus proportionnel mais forfaitaire : l’allocation journalière de la CARPIMKO est de 55,44 euros par jour, identique pour toutes et tous, quel que soit le revenu. Plus votre revenu est élevé, plus l’écart se creuse à ce moment-là.
Le détail du dispositif complet est traité sur notre page consacrée à la prévoyance du kiné libéral.

Le piège du revenu de référence

C’est le point que personne ne traite, et c’est celui qui fait le plus d’écart sur le montant final.
Votre indemnité est calculée sur une moyenne de trois années civiles, ce qui a deux conséquences directes.

Une année creuse continue de peser pendant trois ans.
Reprenons le cas précédent. Si l’année N-3 avait été à 20 000 euros au lieu de 38 000, la moyenne tombait à 39 000 euros et l’indemnité à 53,42 euros par jour. Un congé maternité, un arrêt antérieur, une installation en cours d’année, un déménagement : tout cela reste dans le calcul longtemps après que l’activité est repartie.

À l’inverse, une très bonne année récente ne remonte pas l’indemnité tout de suite.
Elle compte pour un tiers. Le masseur-kinésithérapeute qui vient d’ouvrir un second cabinet et qui a explosé son chiffre l’an dernier sera indemnisé sur une base qui ne reflète pas du tout son niveau actuel de charges.

Deuxième point, et c’est celui qui fait le plus de dégâts chez les jeunes installées.
Ce qui entre dans le calcul, ce sont vos revenus cotisés, pas votre chiffre d’affaires.
Un kiné conventionné exerce en entreprise individuelle et choisit son régime fiscal, réel ou micro-BNC. En micro-BNC, votre résultat est votre chiffre d’affaires diminué de l’abattement forfaitaire de 34 %.

Sur 50 000 euros encaissés, ce n’est donc pas 50 000 euros qui alimentent la moyenne, mais 33 000 euros.
L’indemnité journalière tombe autour de 45,21 euros au lieu de 68,49 euros, soit environ 700 euros d’écart sur un mois d’arrêt. L’abattement qui allège votre impôt réduit aussi votre indemnisation, exactement dans la même proportion.

Enfin, si vos trois années civiles ne sont pas complètes, la règle applicable n’est pas publiée sur ameli.fr et dépend de votre situation d’affiliation. C’est un point à faire préciser directement par votre caisse primaire, pas à deviner.

Les démarches , étape par étape

Commencez par celle-ci : votre arrêt de travail transmis à la CPAM n’est pas transmis à la CARPIMKO.
Les deux caisses ne communiquent pas. Un dossier mal monté coûte plus cher qu’une garantie mal choisie, et c’est précisément ici que les droits se perdent.

Étage 1, la caisse primaire d’assurance maladie.
Si votre médecin a établi la prescription en ligne, l’essentiel des données part automatiquement vers la CPAM et le service médical. Si l’arrêt est sur papier, vous adressez les volets 1 et 2 à votre caisse et conservez le volet 3, dans un délai de 48 heures, quelle que soit la durée prescrite.
Photocopiez ou scannez le volet 1 avant de l’envoyer : la CARPIMKO elle-même le recommande, parce que vous en aurez besoin plus tard et que vous ne l’aurez plus. Depuis le 1er juillet 2025, seul le formulaire Cerfa sécurisé est accepté : les scans et photocopies sont détectés comme des faux et rejetés. Vérifiez que le document comporte bien des parties surlignées en orange et un logo argenté.

Deux limites à connaître, parce qu’elles font tomber l’indemnisation.
Un arrêt prescrit en téléconsultation ne peut pas dépasser 3 jours, sauf s’il émane de votre médecin traitant ou de votre sage-femme référente. Et la durée de prescription est plafonnée à 31 jours pour une première prescription, 62 jours pour une prolongation, sauf justification portée sur l’ordonnance.

Étage 2, la CARPIMKO.
Rien ne part tout seul. Pour un arrêt qui dépasse trois mois, vous déclarez vous-même, via le service en ligne Je déclare un arrêt de travail, dans votre espace personnel, rubrique « Mes allocations maladie ».
Ce service sert aussi bien pour l’arrêt initial que pour les prolongations et pour demander vos majorations, et la caisse demande expressément de ne pas passer par « Nous écrire ». Vous avez 6 mois maximum à compter du 1er jour de votre arrêt initial, et vous devez être à jour de toutes vos cotisations.

Sur ce dernier point, la caisse est explicite et plus stricte qu’on ne le croit : un délai de paiement accordé, même avec prélèvement automatique, ou une mise en demeure non réglée en totalité vous font perdre le bénéfice des allocations.
Pour être indemnisée, il faut renoncer aux délais accordés et solder la dette. L’indemnisation démarre alors au premier jour du mois suivant le règlement total.

Les pièces à préparer avant de vous connecter : les volets 3 de vos arrêts initiaux et de vos prolongations, faisant apparaître la pathologie, les dates de vos derniers actes réalisés à titre libéral, les dates de reprise si elles ont eu lieu, et votre RIB. En cas d’enfant fiscalement à charge, ajoutez le livret de famille à jour, le certificat de scolarité en cours et votre dernière déclaration de revenus.

Un détail qui évite une démarche inutile : votre cessation d’activité pour raisons de santé est enregistrée automatiquement lors de la déclaration de vos arrêts de travail. Vous n’avez pas de déclaration de cessation d’activité à envoyer en plus.

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Quand la situation sort du cas standard

Votre situation Ce qui change
Prolongation après une reprise très courte Le délai de carence de 3 jours ne s’applique pas si la reprise entre l’arrêt initial et la prolongation a duré 48 heures au maximum. (1)
Affection de longue durée Le délai de carence n’est retenu que pour le premier arrêt, sur une période de 3 ans. Les arrêts suivants liés à l’ALD sont indemnisés sans carence. (1)
Arrêt après une interruption spontanée de grossesse Aucun délai de carence n’est appliqué. (1)
Reprise à des fins thérapeutiques Côté CARPIMKO, l’allocation est maintenue à taux plein, 55,44 € par jour pendant 3 mois, puis réduite de moitié, 27,72 € par jour pendant 6 mois maximum. (2)
Reprise d’une activité partielle Allocation partielle de 27,72 € par jour, soit 50 % de la prestation totale, à condition que vos revenus professionnels ne dépassent pas 50 % de la moyenne de vos BNC des 3 dernières années précédant l’arrêt initial. Ces prestations partielles n’ouvrent pas droit aux suppléments pour charges de famille. (2)
Grossesse pathologique ou à risque La CARPIMKO indemnise dès lors que l’arrêt dépasse 90 jours, jusqu’à la veille du congé maternité prénatal, puis à partir de la fin du congé postnatal. L’allocation ne se cumule pas avec les prestations maternité de l’Assurance Maladie. Dossier distinct, avec attestation du médecin précisant la nature des affections. (2)(3)
Arrêt prescrit en téléconsultation Durée limitée à 3 jours, sans renouvellement ultérieur en téléconsultation. Exceptions : médecin traitant, sage-femme référente, impossibilité prouvée de consulter en personne. (1)
Cumul emploi-retraite La durée de versement des indemnités journalières est limitée à 60 jours pour toute la période de retraite. (1)
Cotisations CARPIMKO non à jour Aucune allocation tant que la dette n’est pas soldée. Un délai de paiement accordé suffit à vous faire perdre vos droits aux prestations invalidité-décès. L’indemnisation démarre au premier jour du mois suivant le règlement total. (2)(3)

(1) ameli.fr, « Arrêt de travail pour maladie ou accident : les indemnités journalières du professionnel libéral », page mise à jour le 1er septembre 2026, consultée le 12 septembre 2026.
(2) carpimko.com, « En cas d’incapacité ou d’invalidité » et « Déclarer mon arrêt de travail supérieur à 90 jours », consultées le 12 septembre 2026.
(3) CARPIMKO, bulletin « Prévoyance et Solidarité » n° 126, règles applicables depuis le 1er janvier 2025.

Vos cotisations pendant l'arrêt

Elles continuent de courir. C’est la mauvaise surprise classique : l’activité s’arrête, les appels de cotisation non. Votre cotisation au régime invalidité-décès de la CARPIMKO est forfaitaire et indépendante de votre revenu, fixée à 1 022 euros pour 2026. Il existe cependant une exonération, et elle est automatique. Si votre incapacité professionnelle totale atteint au moins 6 mois dans l’année, consécutifs ou non, vous êtes exonérée des cotisations du régime de base et du régime complémentaire, l’ASV et le régime invalidité-décès restant dus. En dessous de 6 mois, vous êtes redevable de l’intégralité. Cette exonération ne coûte rien sur le régime de base : 4 trimestres d’assurance et jusqu’à 400 points sont validés à titre gratuit. Au régime complémentaire en revanche, les points attribués sont réduits de moitié, calculés sur la moyenne des points acquis au cours des trois années précédant l’année exonérée. Si vos 6 mois d’arrêt sont à cheval sur deux années civiles, l’exonération est attribuée sur la seconde. Point ignoré de presque tout le monde : vous pouvez refuser cette exonération pour conserver la totalité de vos droits au régime complémentaire. La demande est à faire dans les 30 jours suivant la notification d’exonération, et le choix est définitif quelle que soit la durée de versement de vos indemnités. Cela se calcule, ce n’est pas évident dans les deux sens. Deux réserves posées par la caisse : pas d’exonération si vous avez une dette de cotisations, ni si votre déclaration d’arrêt de travail intervient tardivement par rapport à la date de l’arrêt initial. Encore une raison de déclarer vite.

Au-delà de l’arrêt de travail, faites le point sur quelles assurances souscrire quand on exerce en kiné libéral, à commencer par la seule que la loi impose.

La fiscalité de vos indemnités

Les montants annoncés sont des montants bruts. Ce qui arrive sur votre compte est plus bas, et les deux caisses ne fonctionnent pas du tout de la même manière.

Côté Assurance Maladie, les indemnités journalières supportent la CSG à 6,2 % et la CRDS à 0,5 %. Elles sont soumises à l’impôt sur le revenu, sauf celles versées au titre d’une affection de longue durée exonérante. Le prélèvement à la source est appliqué directement par l’Assurance Maladie, et vous retrouvez le montant imposable et le taux appliqué dans votre compte ameli.

Côté CARPIMKO, c’est vous qui gérez. Depuis le 1er janvier 2025, les allocations journalières supportent une CSG à 6,20 % sans exonération possible et une CRDS à 0,50 %, mais la caisse ne prélève plus l’impôt à la source et ne pré-remplit plus votre déclaration de revenus. Les allocations sont à déclarer par vos soins, selon la notice correspondant à votre régime fiscal. La caisse adresse chaque début d’année une attestation indiquant le montant à reporter, également disponible dans votre espace personnel, rubrique « Mes documents ».

Les prestations du régime invalidité-décès sont imposables, à l’exception de la majoration pour tierce personne et du capital décès. Et si votre arrêt relève d’une affection de longue durée, l’exonération fiscale existe mais elle se fait sur votre déclaration, sous votre responsabilité : personne ne l’appliquera à votre place.

Sources : ameli.fr, consultée le 12 septembre 2026 ; carpimko.com, « Les prélèvements sociaux de mes indemnités », consultée le 12 septembre 2026 ; CARPIMKO, bulletin « Prévoyance et Solidarité » n° 126, règles applicables depuis le 1er janvier 2025.

Remplaçant, collaborateur, titulaire, en cours d'installation

Vous êtes remplaçante ou remplaçant.
Deux choses à vérifier avant de compter sur quoi que ce soit. D’abord vos revenus cotisés des trois dernières années : par nature irréguliers, ils sont exactement ce que la moyenne sur trois ans pénalise le plus. Ensuite votre date d’affiliation réelle à la CARPIMKO.
L’affiliation prend effet le premier jour du trimestre civil qui suit votre début d’activité libérale, et des remplacements ponctuels effectués sur un seul trimestre civil ne rendent pas affiliable. Un début d’activité le 3 avril donne une affiliation au 1er juillet, ce qui décale d’autant le décompte de vos douze mois.

Vous êtes collaborateur ou collaboratrice.
Regardez ce que prévoit votre contrat de collaboration en cas d’arrêt : la redevance versée au titulaire peut continuer de courir pendant votre arrêt, selon les clauses signées. C’est une charge qui s’ajoute à la perte de revenu, et elle ne relève d’aucune caisse.

Vous êtes titulaire.
Le loyer, l’emprunt du cabinet, le logiciel métier, le matériel et les assurances continuent de courir pendant que vous ne facturez plus. L’indemnité du régime obligatoire compense une partie du revenu, pas les charges fixes de la structure.
C’est précisément l’écart que traite notre page sur la prévoyance du kiné libéral.

Vous êtes en cours d’installation.
La condition des 12 mois d’affiliation continus ferme la porte à qui vient de démarrer. Ce n’est pas forcément définitif : ameli.fr indique que si les droits ne sont pas réunis, l’arrêt peut sous conditions être indemnisable au titre du maintien de droits de votre activité précédente, ce qui concerne notamment les kinésithérapeutes qui sortent d’un poste salarié. À faire vérifier auprès de votre CPAM. Sur les premiers mois d’exercice et les démarches d’ouverture, voyez les étapes de l’installation en libéral.

L’arrêt de travail n’est qu’un risque parmi d’autres.
Pour une vue complète, voyez toutes les assurances du kiné libéral et, sur le volet exercice, la responsabilité civile professionnelle du kiné.

Questions fréquentes

Comment est calculée mon indemnité journalière ?

Elle est égale à 1/730e de votre revenu d’activité annuel moyen, lui-même calculé sur la moyenne de vos revenus cotisés des trois années civiles précédant l’arrêt.
Cette moyenne est plafonnée à 3 fois le plafond annuel de la sécurité sociale, et l’indemnité ne peut pas dépasser 197,51 euros bruts par jour au 1er janvier 2026.

Sur les trois années civiles qui précèdent la date de votre arrêt de travail, et non sur votre revenu de l’année en cours.
Concrètement, une année creuse continue de peser sur votre indemnisation pendant trois ans, et une bonne année récente ne compte que pour un tiers.

Non. Ce sont vos revenus cotisés qui servent de base, c’est-à-dire votre chiffre d’affaires après l’abattement forfaitaire du micro-BNC. Sur 50 000 euros encaissés, l’indemnité se calcule donc sur environ 33 000 euros.
L’abattement qui allège votre impôt réduit votre indemnisation dans la même proportion.

Non, pas au titre de votre activité libérale : il faut justifier d’au moins 12 mois d’affiliation continus.
Si ces droits ne sont pas réunis, ameli.fr indique que l’arrêt peut sous conditions être indemnisable au titre du maintien de droits de votre activité précédente.
Renseignez-vous auprès de votre caisse primaire.

Oui, et c’est indispensable.
Votre arrêt de travail transmis à la CPAM n’est pas transmis automatiquement à la CARPIMKO. Pour un arrêt qui dépasse trois mois, la déclaration se fait via le service en ligne « Je déclare un arrêt de travail », rubrique « Mes allocations maladie » de votre espace personnel.

6 mois maximum à compter du 1er jour de votre arrêt initial, et vous devez être à jour de toutes vos cotisations CARPIMKO.
Un délai de paiement accordé ou une mise en demeure non réglée suffisent à bloquer le versement.

Oui.
Si votre arrêt dure moins de 6 mois, vous restez redevable de l’intégralité des cotisations. Si votre incapacité professionnelle totale atteint au moins 6 mois dans l’année, consécutifs ou non, vous êtes automatiquement exonérée des cotisations du régime de base et du régime complémentaire, l’ASV et le régime invalidité-décès restant dus. Vous pouvez aussi refuser cette exonération, dans les 30 jours suivant sa notification, pour conserver la totalité de vos droits au régime complémentaire.

Vincent Legac, gérant d'ADENOR Courtage

Rédigé et validé par

Vincent Legac

Gérant d’ADENOR Courtage, courtier en assurance immatriculé à l’ORIAS sous le n° 15004082, sous le contrôle de l’ACPR.

Courtier depuis 2015, spécialisé dans la protection des professionnels de santé libéraux : responsabilité civile professionnelle, prévoyance, mutuelle et retraite.

Immatriculation vérifiable sur orias.fr.

Faites le point sur vos contrats

Vous décrivez votre situation en une minute. Vincent Legac ou un membre de son équipe vous rappelle pour cadrer votre besoin.

  • Aucune souscription engagée à ce stade
  • Un interlocuteur unique, pas un centre d'appel
  • Plusieurs compagnies interrogées, pas une seule

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